超微粉碎技術雖然優勢明顯，但也存在一定問題。粉碎中藥粒徑雖然可以不斷減小，但藥物的溶解度和溶解速度卻不會無限制地增大。
　　
　　當粒度小到一定程度時表面能因素就顯露出來，且過細的粒子吸濕性強，易吸附空氣中的電荷，導致分裝劑量不能保持穩定性和準確性，增加藥物存放難度。
　　
　　超微粉碎并不是適合所有中藥，對于揮發性組分含量較多的藥材，粉碎時揮發性組分易揮發損失，粉碎粒度需進一步研究。對于含毒性組分的藥材，其毒性成分的溶出率應作為一個重要的檢測指標，探究合適的超微粉粒徑，保證有效組分的溶出率大，同時毒性組分的溶出率小，但目前對此類藥物的毒理研究較少。
　　                                                                               
　　超微粉碎作為一種新型的中藥飲片形式，其特性和應用已得到了廣泛研究。超微粉碎技術使中藥材粒徑微納化，這種細胞級的破壁技術讓中藥的有效成分能夠更充分的析出，大大提高中藥的生物利用率，減少藥材浪費，對緩解中藥材相對缺乏、道地藥材稀缺的境況有十分重要的現實意義。
　　
　　中藥超微粉與傳統中藥的各種劑型相結合，以新興技術配合經典療法，以傳統之形，展現代之效，使中醫藥的療效隨著中藥超微粉的研究與應用得到有效的提高。
　　
　　超微粉碎的發展和應用前景十分廣闊，如今雖然研究廣泛，但要更多的指導和服務臨床，還需要更進一步的發掘，在充分研究超微粉碎中藥的藥理毒理基礎上，建立起一套完整的質量管理和標準化應用體系。